新闻媒体-尊龙在线登录

发稿时间：2020-06-15来源：天昊生物

 

昨天发表《r相关软件及r包安装》后，我们后台就收到了大量获取软件的回复，有很多初学者也下载了r相关软件，与此同时小编也收到部分客户练习heatmap的过程当中反应加载包和读取文件有报错的情况，相信其他人可能也会遇到这个问题。万事开头难，从入门到放弃，你也许只是没有趁手的工具而已（或者工具的使用熟练度不够）。本着扶上马，送一程的精神，小编以heatmap这篇文章为例，总结了一个使用rstudio练习r的教程，拿走不谢。

一 获取源码和数据

1. 在天昊生物公众号回复heatmap，获取数据

代码和数据下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1l2b_dduuvfyzifjgxab4fg提取码：mbk2
2. 下载数据

二使用rstudio

1. 导入下载的r文件file -> open file -> 点击文件 【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）.r -> 点击open ,如下图所示

2. 确认下载文件的绝对路径如下图所示，文件下载到桌面，路径是c:usersadministratordesktopheatmap

【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）.r ：r 脚本文件

differential_expression_genes.txt ：基因表达量数据

gene_group.txt：基因分组信息

sample_group.txt：样品分组信息

3. 修改工作路径

代码不能运行成功，很大的可能是因为工作路径不对，这里我们在源代码前几行先确认一下工作路径，看是否需要修改。确认工作目录：输入getwd(), ctrl enter 键运行该命令，发现工作目录是 "c:/users/administrator/documents"，不是脚本所在目录；切换目录：输入setwd('c:/users/administrator/desktop/heatmap'),切换成脚本所在目录；再次确认工作目录：输入getwd()，确认目录已经是脚本所在目录了。

这一步主要是确认后续使用read.table命令，能在当前读取到文件differential_expression_genes.txt注意输入法全程要用英文。目录是 / ，而不是 。示例中的 library(pheatmap) 如果出现报错，install.packages('pheatmap') 先安装该包
4. 依次运行代码

如下图所示，对剩余代码依次按键盘 ctrl enter

5. 体验逐步运行的过程，理解代码

第4步依次运行，基本不会出现报错。但是如何理解每一步执行的目的，这里我们可以结合之前写的参考文章去理解,文章链接点击下图方框部分。

往期相关链接：

；

；

；

；

；

；

；

；

；

；

；

；

；

如果您对本文案介绍的方法或代码有疑问，

请扫码添加qq群沟通

【本群将为大家提供】

分享生信分析方案

提供数据素材及分析软件支持

定期开展生信分析线上讲座

qq号：1040471849