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发稿时间：2019-10-31来源：天昊生物

2019年9月份m6a rna甲基化方向共有11篇5分以上文章发表（epub时间最早也在9月份，含综述），其中10分以上有5篇文章。这11篇文章中2篇涉及m6a检测方法；2篇m6a相关综述；2篇文章涉及mettl5这一甲基化转移酶，（mettl5被证实与18s rrna的m6a修饰有关）；4篇与肿瘤相关；还有1篇涉及肺纤维化。

nature methods文章介绍了一种dart-seq的方法用于检测m6a修饰，这种方法将胞嘧啶脱氨酶apobec1和与m6a结合的yth结构域融合，表达apobec1-yth的细胞能够诱导m6a残基临近的胞嘧啶发生c-u的脱氨反应，从而用标准的rna-seq能够检测m6a修饰位点。这种方法能够用于低达10 ng total rna中m6a修饰位点检测，并且能够检测随时间进展的m6a的变化，另外还可以利用长读长的测序方法获得长转录本中的m6a分布。

nature communications则介绍了利用纳米孔测序的方法直接对rna进行测序，利用新的算法针对m6a修饰或未修饰序列进行检测能够实现90%的准确性，in vivo的结果中对酵母样本进行检测能够实现87%的准确性。这项结果对于研究天然的rna分子中的修饰功能提供了新的方法。

这篇最新的nature reviews总结了新的表征和定量表观转录组的方法，讨论了m6a readers/writers/erasers相关的机制和功能中的新的概念或者争议。

这篇综述围绕营养生理学和代谢领域中m6a rna甲基化修饰的研究进展，m6a甲基化与多种人类疾病相关，包括肥胖、糖尿病、代谢综合征和癌症。相反地，营养和饮食也能够调节或逆转m6a甲基化模式对基因表达的影响。

nar（核酸研究）杂志以突破性进展报道了mettl5能够使18s rrna发生m6a修饰，zcchc4能够使28s rrna发生修饰；mettl5必须与已知的甲基转移酶激活剂trmt112形成二聚体复合物，以获得代谢稳定性。这篇文章首次提供了mettl5-trmt112的原子分辨率结构，表明其rna结合模式与其它的m6a rna甲基转移酶明显不同。

而ajhg（美国人类遗传学杂志）上则报道了通过对智力障碍患者进行外显子测序，发现mettl5存在双等位基因的移码突变与智力障碍相关，这些变异以常染色体隐性遗传的方式与疾病共分离，包括中等到严重的智力障碍、头小畸形、面部畸形。文章中也提到了mettl5与其它m6a修饰蛋白的结构域相似，其可能参与神经元中dna/rna的表观调控。

2019年9月哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院徐娟、李永生、张云鹏课题组在molecular cancer上以letter形式发表了题为“molecular characterization and clinical relevance of m6a regulators across 33 cancer types”的论文，主要基于tcga数据库分析了33个癌种中m6a调控因子（regulators）的分子特征和临床相关性。（详见m6a纯生信挖掘可以为基金申请加分）

研究人员在乳腺癌中利用crispr screen的方法发现了远端上游的结合蛋白1（fubp1）是一个“long tail”驱动基因（候补的、较少发生突变、合作驱动肿瘤的基因），fubp1能够与其它肿瘤抑制基因协作，通过扰乱细胞分化和细胞结构实现转化乳腺上皮细胞的功能。机制上，fubp1参与m6a rna甲基化调控，其缺失导致rna剪接整体的改变，以及异常的驱动异构体广泛的表达。这些结果表明单个基因的体细胞突变能够参与到rna剪接，而且m6a rna甲基化能够对致瘤性转化的贡献者提供“全副盔甲”。

该研究主要发现在恶性胶质瘤中mettl3通过调控剪接因子的无义介导的rna衰减（nmd）及可变剪接异构体的转变来维持其致癌的角色。首先验证了mettl3和胶质瘤的临床相关性，mettl3的细胞学功能；其次通过转录组测序和merip-seq发现下调mettl3降低了srsfs的m6a修饰水平，继而导致基于ythdc1的srsfs转录本的nmd及蛋白表达的下降；srsfs表达的下降会引起可变剪接异构体转变的更大变化；mettl3缺陷影响的表型能够通过下调bcl-x或ncor2异构体被rescue。总体上，这些结果证实了m6a在调控nmd上新的功能，同时揭示了mettl3促进恶性胶质瘤肿瘤生长和进展的机制。

这篇文章发现mettl3与结直肠癌的临床和功能的相关性，机制上，mettl3能够调控pri-mir-1246的m6a甲基化修饰，从而促进pri-mir-1246的成熟，继而通过mir-1246-spred2-mapk信号通路影响结直肠癌的转移。（相同思路可以参考m6a与mirna研究案例）

该研究利用纳米级炭黑粒子诱导大鼠肺纤维化，功能机制上发现炭黑处理后pri-mir-126的m6a修饰水平及与dgcr8的结合均下降，导致了成熟的mir-126水平的降低，继而激活了pi3k-akt-mtor通路，最终驱动了肺纤维化的发生。（相同思路可以参考m6a与mirna研究案例）

天昊生物具有多年基因组、转录组和表观组等多组学检测与分析的经验，m6a rna甲基化作为表观领域的一大热点，天昊生物可为您提供m6a整体水平定量，结合rna-seq和m6a merip-seq挖掘潜在的受m6a调控酶影响的靶点，同时可对靶点进行merip-qpcr验证。生信团队亦可提供个性化的数据库挖掘与生信分析内容。

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