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发稿时间：2019-01-22来源：天昊生物

数据库背景信息

由于越来越多的测序研究不断扩充癌症基因的相关数据，研究者急需一个能时时更新的癌症基因综合信息数据库。因此，研究者在2010年开始建立the network of cancer genes (ncg)数据库，旨在从大量癌症测序数据中收集汇总癌症基因并给予详细注释。

ncg基于专家对癌症测序筛查研究的分析总结，提取出原始文献中癌症基因，并且收集分析该基因各方面的特征性质信息（简单来说，这是一个基于测序研究手动整理的癌症候选基因百科全书）。目前最新版ncg，共包括了2372个癌症基因。基于275篇已发表文章，这些基因的体细胞改变具有已知或预测具有癌症驱动作用。ncg同时注释了癌症基因的特性，例如多倍性，进化起源，rna和蛋白表达，mirna和蛋白互做，以及蛋白功能和其它一些基本特性。ncg目前已更新到第六版，与旧版相比，新版囊括的内容增加了1.5倍，可在以下地址访问http://ncg.kcl.ac.uk/。

图：2372个癌症候选基因来源（2个癌症数据库 273篇癌症测序文章）。

数据库使用体验

• 尊龙z6尊龙z6官网首页（支持多种搜索模式）

•  以brca1为例，搜索结果页面内容

 基本信息模块(各种ncbi序列编号与链接“一网打尽”)

 癌症基因信息模块

1 cancer information：提示brca1为肿瘤驱动基因的文献列表（包括技术平台，分析平台，癌种等信息）

2 duplicability（倍性）：体现brca1基因编码蛋白序列在基因组的比对情况

3 orthology  brca1基因的直系同源情况

4network properties：brca1蛋白互做情况

5gene expression in normal tissues：包括2个基因表达数据（gtex和protein atlas）和1个蛋白表达数据（protein atlas）

6 gene expression in cancer cell lines：列举了三个数据库中肿瘤细胞系中该基因表达情况（cancer cell lines encyclopedia (ccle)；cosmic cancer cell lines project (clp)；genentech dataset (gne)）

7 essentiality：brca1基因对于细胞系存活的必须性（来源于和 数据库）

8  protein function：蛋白参与的通路信息（来源于kegg,reactome，biocarta三个数据库）

9 mirna-gene interactions：互做mirna信息

结语：如果准备开展一个肿瘤基因的功能研究，先来ncg数据逛一逛，一定可以少走很多弯路哦~