number1
qpcr绝对定量检测
涉及技术:qpcr绝对定量
原理:
优点:
局限性:
number2
常规微生物16s扩增子测序
涉及技术: 基因组目的区域pcr 二代测序;
原理:通过对基因组目的区域(细菌16s rdna区/真菌its区)进行pcr扩增,将目标区域dna扩增富集后进行高通量二代测序,然后将得到的序列与特定数据库比对,确认物种,将16s rdna 序列相似性高于97% 的不同序列定义为一个otu,即每个otu对应于一个不同的 16s rdna 序列,然后通过计算某一otu分类单元的序列数占总序列数的比值来获得物种相对丰度数据。通过out聚类分析,就可以知道样品中的微生物结构组成和不同微生物的相对丰度。
优点:
局限性:
number3
微生物16s扩增子绝对定量测序
涉及技术:(样本基因组目的区域pcr spike-in standards目的区域pcr) 二代测序;
原理:该方法通过向样品dna中添加一定量spike-in standards人工合成序列,进行16s扩增子文库构建、测序,再根据spike-in standards的16s扩增子reads数及其绝对拷贝数绘制标准曲线,计算出样品中otu代表序列对应物种16s rrna基因绝对拷贝数。添加16s spike-in standards到样品模板中进行16s rrna基因扩增子高通量测序较好的解决了样本中微生物的绝对定量问题,同时也能得到样本中的物种组成信息。
优点:
局限性:
微生物16s扩增子绝对定量测序新检测模式发挥“细菌群落结构 细菌绝对定量”两种检测技术的各自优势,变‘两张皮’为‘一盘棋’,最大限度地便利了微生态研究者的便利。
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