转录组测序( rna-seq )已成为单碱基分辨率基因组特性和转录本定量分析的标准实验方法。然而,大量测序数据的后续分析对于传统生化实验室研究人员(wet-lab researchers)来说可是一项令人望而却步的工作,迫切需要一个功能集成和用户友好的平台来满足这一需求。北京大学李程课题组2018年最新发表的文献,报道了一个基于r语言的网络在线平台iseq,用于rna-seq序列数据分析和可视化。
iseq在线工具网址:http://202.205.131.33:3838/iseq/
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iseq是一个利用r语言的shiny框架搭建的网页应用平台,具有简单的用户界面和多个数据分析模块。没有编程和统计技能的用户也可以分析其rna-seq数据,并可以绘制出较高质量的图表。iseq可通过任何操作系统上的网页浏览器进行访问。
iseq工作流程图:
iseq数据输入格式:
数据来源:http://202.205.131.32:3838/nat.condition.csv
分析图表举例:
iseq网站接受上传的excel数据,几步式操作非常简单易学,提供rna-seq检测最常用的基因表达差异表、火山图、聚类图、pca图以及go注释等分析结果。网站处理速度较快,适合初级用户rna-seq数据个性化调整与分析。
小小的不足可能是目前在go分析时,只提供人和小鼠物种选项,在kegg富集、venn图等分析时,仍需要借助第三方网站工具支持,并且无法完成如“融合基因鉴定”、“可变剪切分析”、“新转录本预测”等高级生信分析。
天昊生物具有多年rna-seq检测与分析经验,可以为用户提供多物种、全方位、一站式转录组测序分析专业服务。
天昊生物rna-seq数据分析流程图:
生物信息分析内容:
1、基本分析:
2、高级分析:
3、个性化分析:
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