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发稿时间：2018-03-06来源：天昊生物

小勤：听说你们天昊生物的ssrseq^tm专利技术在进行ssr基因分型时，既准确又高效，不仅可以“比大小”，还能“看序列”，我也准备试一试。

昊昊：好啊，在正式检测之前，我们需要对您的目标ssr进行前期评估。您需要提供一下ssr区域及引物序列，以及重复单元组成、数目、产物片段大小等信息就好。

小勤：啊？！我接手师兄的课题，他走的时候只给我丢下了一堆ssr和引物序列，我要自己整理这些信息，可得数到哪一天才算是个头啊！~~

昊昊：这个你问我啊，我给您推荐两款在线小工具，让这些工作分分钟搞定。

一、ssrit - simple sequence repeat identification tool

网址: http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

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1、设置参数：

a) 选择期望找到的最长重复单元长度（maximum motif-length）。

b) 将fasta格式的目标ssr序列粘贴到文本框中，点击“find ssrs”，你想要的ssr相关信息即可获得。

ssrit在线工具说明清楚，操作及结果呈现简单明了，初学者极易上手。该工具就是有一个小缺点—网页刷新有些慢，需要有些耐心哦。

二、imperfect ssr finder

网址: https://ssr.nwisrl.ars.usda.gov/

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imperfect ssr finder在线工具分为两页呈现，第一页同样是对寻找的ssr信息的参数设置，该工具不仅可以寻找标准的ssr重复单元信息，而且可以根据用户设置寻找一些不标准的ssr重复单元信息，具体设置方法分别在“perfect ssr minimums”和“imperfect ssr minimums”两个板块进行。

当根据网页说明设置好参数后，即可点击屏幕左下角的“go to step2”按钮。

之后，同样的将fasta格式的ssr序列粘贴到文本框中，点击“process!”即可提交信息。