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发稿时间：2018-02-09来源：天昊生物

一、软件简介：

popgene软件是由francis yeh、rongcai yang和timothy boyle共同开发的用于分析群体间及群体内遗传变异的一款免费软件。该软件主要基于windows操作系统，使初学者更容易进行群体遗传学分析，完成科学可靠的数据统计。目前最新的popgene版本为1.32，专为使用单倍体和二倍体数据分析共显性和显性标记而设计的。popgene可以进行常用的遗传统计（例如，等位基因频率、基因多样性、遗传距离、g-statistics、f-statistics）和复杂的遗传统计（例如，基因流，中性检验，连锁不平衡，多位点结构分析等）。软件数据处理限制： 1400个群体，150个组，1000个位点和一个位点最多52个等位基因型数据。

软件网址：

二、软件界面及指令介绍：

 

  

 

co-dominant marker：共显性标记，即同时能检测出显性和隐性等位基因，能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记。

dominant marker：只能按有无扩增条带进行分析，并且无法区分杂合基因型的遗传标记。

co-dominant marker data：调用co-dominant 标记数据进行群体遗传分析。

dominant marker data：调用dominant 标记数据进行群体遗传分析。

quantitative trait data：调用数量性状数据进行群体遗传分析 。

  

 

1、窗口菜单haploid data可以分析内容包括：

gene frequency：利用原始数据评估每个位点的基因频率。

allele number：等位基因的数量统计。

effective allele number：纯合性评估。

polymorphic loci：具有多态性位点占所有位点百分比。

gene diversity：nei’s基因多样性评估。

shannon index：shannon信息指数，基因多样性程度的评估指标。

homogeneity test：构建双向列联表并对群体基因频率进行卡方和似然比检验。

f-statistics：对nei’s的g_st等进行评估。

gene flow：通过g_st或者f_st对基因流进行评估。

genetic distance：判断 nei’s及无偏遗传特性和遗传距离。

dendrogram：用 upgma 绘制基于 nei’s 遗传距离的树形图。

neutrality test：进行ewens-watterson中性检验。

two-locus ld：判断位点和卡方检验的配子不平衡。

brown：计算观察到的和预期的k值，以及群体随机选择到杂合位点的数目。

smouse：最常出现的等位基因为1，其他等位基因为0。用于估计群体内平均位点间相关性。

2、窗口菜单diploid data可以分析内容包括：

genotypic frequency: 根据原始数据估计co-dominant markers在每个位点基因型观察频率。

hw test：在随机杂交的情况下，计算预期的基因型频率，并且对每个位点进行hardy-weinberg平衡的卡方检验和似然比检验，仅限于共显性标记。

fixation index：利用f_is作为杂合子缺失或过量的评估标准。

obs. homozygosity：判断给定位点观察到纯合子的比例。

exp. homozygosity：判断随机杂交的情况下预期纯合子的比例。

三、数据格式（以diploid data为例）

 

 

 

四、结果展示：

文件基本信息：

 

等位基因频率信息：

 

位点统计结果：

 

 

关于天昊：

天昊生物拥有多种ssr检测平台及ssrseq^tm等专利技术，可以根据客户项目需求，提供不同数量样本和位点的高性价比微卫星检测服务。