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发稿时间：2018-01-25来源：天昊生物

如何不做试验探究甲基化是否在肿瘤样本中调控基因的表达水平，我第一个要查的就是这个牛气的数据库：

methhc

有时间的老师请继续往下看，它的功能比我们预想的还要丰富。

数据库特点

• 收录数据： dna甲基化、基因表达、microrna甲基化、microrna表达， tcga (the cancer genome atlas)数据库的基因表达和甲基化的关系，一共包括超过6000例样本的18个癌种的6,548个 microarray 和12,567个 rna 测序数据。
• 显著优于其他同类型甲基化数据库，该网站直接给出多数据库对比表格。总结起来，

优势体现在更新及时；数据量大且类型多样；同时包括mirna表达数据和甲基化数据，能更快速直接的探究mirna和甲基化是否调节目的基因的表达。

• 数据库整体分析流程：整合分析tcga数据库的甲基化水平，mrna表达和microrna表达数据，其中重点关注了基因mrna水平和甲基化水平的相关性；mirna的甲基化信息。

• 甲基化分析更细致：除了传统的基因整体甲基化分析，还可细分多种基因区域 (promoter,enhancer, tss1500, tss200, 5'utr, first exon,gene body ,3'utr,cpg islands/cpg island regions, shelves and shores)

数据库用法介绍

• 搜寻不同癌种的top250差异甲基化基因，超高甲基化基因和超低甲基化基因。

• 有目的的进行搜索。

• 一个基因在某个癌种中的甲基化差异分析图（会针对不同转录本分别绘制）。

点击某个具体癌种对应的图形，可得到具体表达水平（可选不同探针）和甲基化水平（可选不同区域）的相关性。

                                     还有原始数据可以下载