easy target®高通量目标基因片段快速富集技术:
easytarget®技术为上海天昊生物又一全新的专利技术,针对目的区域设计的easytarget引物及探针,通过延伸连接反应富集目的片段,对研究者感兴趣的基因组区域进行捕获富集。一个延伸连接反应体系可以获得<200kb的区域内所有目的片段的连接产物,该技术方法实验快速、步骤简单,直接富集扩增效率极高,无需复杂的建库过程,此外利用illumina miseq测序仪的2x250bp测序模式对目的片段实现双向测序验证,大大提高二代测序的数据准确度。该方法非常适合数百个样品<200kb的多个候选基因外显子富集二代测序项目。
服务流程:
1)课题的设计咨询包括候选基因区域的评估与确定、富集及二代测序方法选择;
2)设计覆盖目的区域的easy target®引物和探针、合成并优化反应体系;
3)dna样本的之间与标化;
4)easy target®延伸连接、扩增反应、样品标记等;
5)illumina miseq2×250bp测序;
6)生物信息学分析与筛选;
7)目的区域内选取12-16个高频snp位点进行分型验证,对二代测序基本结果评估。
专业的生物信息分析:
1. 根据变异位点附近序列特征进行注释,提示可能因高同源性区域或邻近简单重复序列存在等序列原因带来的测序假阳性结果。
2. snv calling与genotype calling独立分析,提高分型准确性:首先利用高质量样本分型建立所有snv的位点库,利用位点库信息调取每个样品原始测序结 果,判断样品的分型结果。利用双向测序平衡性卡方检验、二项分布概率评估以及贝叶斯法概率估计对样品进行候选snv位点的基因型判读,并给出准确性水平,并进一步利用hardy-wenberg
equilibrium检验对snv位点进行可靠性评估。
3. 对于病例-对照样本,可提供高频snp位点的关联分析以及以基因为单元的稀有突变分布差异分析。
我们的特色:
1.实验技术方法灵活:多种策略可供选择,适合各种规模的目标区域二代测序项目。
2.极具特色的实验质控体系:利用snapshot多重snp分型技术对目标区域内的12个高频snp位点进行snp分型质控,判断测序数据和样品标记的准确性。
3.经验丰富的生物信息学和遗传学分析团队:结合多年丰富的遗传分析经验,开发了一套理论基础扎实、实用性强的二代测序数据分析体系,为研究者更好的判断和分析二代测序的结果提供了指导性的帮助。
4.天昊将协助客户进行实验设计,完备的实验设计是项目成功的关键!